L'histoire du forum se déroule après le film X-Men 3.
Tornade a prit la direction de l'insitut Xavier, aidée par Wolverine.
Scott est décédé, les X-Men ont fait leur deuil [cependant il peut revenir à la vie si le playeur a une bonne raison].
Jean a été sauvé une nouvelle fois grâce au Phoenix...
Elle était enterrée dans une tombe à l’institut Xavier, le Phoenix l’a ressuscitée encore et elle s’est échappée de l’école, maintenant personne ne sait vraiment où elle se cache. Les X-Men tentent de la retrouver pour la ramener tandis que Magneto et sa Confrérie veulent faire d’elle une arme pour détruire l’humanité. Sous la possession de cette entité, Jean détruira le premier qui essayera de l’approcher…
Charles Xavier n'est pas mort, il a transféré son esprit dans le corps d'une personne plongée dans le coma...
En prenant possession de cet individu, il possède toujours ses pouvoirs, il peut aussi de nouveau marcher et il rejoindra son institut.
L'"antidote" a en fait un effet limité: Magneto, Mystique et Malicia vont donc retrouver leurs pouvoirs petit à petit.
Magneto, en conséquence, va retrouver son groupe de mutants: la Confrérie. Mystique sera de nouveau son bras droit même si cette dernière n'a pas encore tout à fait digéré ce que Magneto lui a fait précédemment.
Diablo va revenir à l'institut pour aider ses amis à rammener Jean.
De nouveaux élèves X-Men vont arriver à leur tour, ils seront entraîner et former pour devenir la nouvelle génération des X-Men.
La vie a reprit un cours "normal" pour les X-Men jusqu'à ce qu'ils s'apperçcoivent que Magneto est redevenu le mutant puissant qu'il été auparavant.
Ils vont aussi devoir faire face à la fureur du Phoenix...
Les Morlocks sentent Jean Grey comme une menace pour leur clan. Ils essayeront eux aussi de domestiquer Phoenix pour servir leurs causes (préparer une rebellion).
Les Morlocks sont une communauté de mutants vivant dans les égouts car ils sont rejetés par les humains.